劉燕華認為，我國科技創新工作中，在方法上存在五大問題：一是科學思維培育不夠，二是科學方法研究與應用不夠，三是具有自主知識產權的科學儀器設備匱乏，四是創新政策環境還不完善，五是評價方法有待改進。
在近日舉行的2009創新方法高層論壇上，科技部副部長、創新方法研究會常務副理事長劉燕華認為，從根本上提高科技自主創新能力，最為重要的是要掌握創新方法。創新方法是國家科技創新的重要組成部分，是一項長期性的基礎工作。
他指出，目前，我國科技創新工作中，在方法上存在五大問題。
一是科學思維培育不夠。創新思維與創新精神培養缺位，目前應試式的教育體系、灌輸式的教學方法抑制了學生的創新思維和創新精神;科研活動創新思維不足，自主創新研究成果少;以跟蹤模仿為主，自主創新較少;多數學科發展滯后，屬于世界領先的學科很少;中國申請人在世界知識產權組織的PCT專利申請只占總量的0.96%;尊重科學、崇尚科學的氛圍不夠，科學精神與科學氛圍仍然不足，不按照科學規律辦事的問題仍普遍存在。
二是科學方法研究與應用不夠�？萍冀珀P于科學方法的意識薄弱，科研活動中，忽視研究方法的規范性、創新性;國內學術期刊很少發表關于研究方法和哲學思考類的理論性論文;對科學方法的研究不夠，僅限于對國際科學方法的跟蹤、了解，缺乏對前沿方法的前瞻性研究;科學方法的研究與應用嚴重脫節;企業技術創新能力不足，缺乏科學創新方法。
三是具有自主知識產權的科學儀器設備匱乏�！笆濉逼陂g，國家主體科技計劃用于“科學儀器設備研制與開發”項目的經費只有0.85億元，僅占三大科技計劃經費的千分之二和科學儀器購置經費的1%;科學儀器水平與發達國家存在明顯差距，高檔科學儀器基本處于空白，中檔科學儀器、國產設備穩定性和重現性不高，軟件配套性較差，占有率小;科學研究“空芯化”現象嚴重，每年科學儀器固定資產投資中的60%用于進口設備，其中，精密儀器、生命科學儀器、大型科學儀器等高技術含量的產品更是90%以上依靠進口。
四是創新政策環境還不完善。雖然近年來我國科學研究與發展(R&D)經費投入不斷增加，但與發達國家以及同等發展水平的發展中國家相比，我國科技投入水平還不高。以2004年為例，我國研發經費僅相當于美國的8%;全國研發人員年平均經費分別只有韓國的14%和日本的8%，而在發達國家，公共財政支持科技發展的經費中有40%用于支持科學方法和科學儀器。在我國，國家主體科技計劃對這方面研究項目的支持幾乎為零。
五是評價方法有待改進。目前，我國科技成果評價方式也不利于創新方法的發展�？蒲性核鶎蒲腥藛T研究能力的評價標準不全面，過分重視SCI，而忽視一些基礎性或方法上的重要問題。以諾貝爾獎為例，諾貝爾獎有1/3是通過科學發現、理論推導得獎;有1/3是通過方法上的創新、方法思路上的創新得獎;還有1/3是通過科學儀器、科學手段、科學工具上的創新得獎。而在我們的科技布局上，更多瞄準了第一個1/3 ，把后兩個1/3基本忽略了。
全國政協教科文衛體委員會主任、創新方法研究會理事長徐冠華院士在論壇開幕式上指出，我們應當共同探討創新方法工作服務于國家自主創新戰略的途徑與方法，以應對來自金融危機的挑戰，提振經濟振興的信心;共同探討盡快提升官、產、學、研各部門對創新方法的理解和認識，促進創新方法的理論研究及其與企業實際需求的成功對接。
本次論壇的主題是“推廣創新方法、促進自主創新、服務經濟振興”，旨在貫徹落實科技部、國家發改委、教育部和中國科協4部門聯合發布的《關于加強創新方法工作的若干意見》中提出的“切實加強創新方法工作，從源頭上推進創新型國家建設”精神，并結合當前國內外的經濟形勢和未來發展格局，就創新方法如何促進自主創新等問題等深入展開研討。2008年度國家科技最高獎獲得者徐光憲院士為論壇作了題為《創新方法學的探索》的主旨報告。
為期兩天的論壇還就科學方法、技術創新方法、科學思維、創新管理、科學工具等領域舉行了專題論壇。來自科技部、教育部、中國科協、國家知識產權局等部門的領導，相關科研院所、高校的專家學者，以及部分企業家出席論壇。