新增遺傳關聯和拷貝數變異分析功能
2009年12月22日，北京 —安 捷 倫科技公司(紐約證券交易所：A)發布了其廣受歡迎的可用于微陣列數據可視化分析的最新一代桌面軟件產品--GeneSpring GX 11，以及其企業版本-- GeneSpring Workgroup 11。
GeneSpring 11軟件專為支持多組學研究而設計，并增加了多項新的功能，包括利用基因分型數據進行基因關聯分析、基因組拷貝數分析以及其它有利于多樣化數據比較的分析和可視化工具。安捷倫的生物信息學產品線還包括了利用GeneSpring相同平臺開發的Mass Profiler Professional，以支持蛋白質組學和代謝組學的數據分析。
安捷倫科技公司的基因組學高級市場營銷總監Chris Grimley說：“在系統生物學研究中，生物信息學一直是采用多組學方法來定義疾病的產生機理的瓶頸之一。在過去，我們從數據中提取生物學知識的能力往往落后于生成數據的能力。GeneSpring 11的開發不僅考慮到這一瓶頸，而且還解決了整合型分析中的其它一些難題。”
辛辛那提兒童醫院的計算醫學中心科學主，GeneSpring軟件的長期用戶Bruce Aronow博士說：“GeneSpring 11軟件代表了生命科學領域中數據分析軟件的一個重大進步。這是我們看到的第一個支持多組學技術的全能分析軟件，它必將會為系統生物學繪制一幅全新的藍圖。”
在GeneSpring 11軟件中，研究人員可以一個窗口內同時分析多種類型的實驗數據，如小RNA、基因表達、基因分型以及拷貝數等。這允許用戶可以根據需要在數據之間來回切換，而不必單獨加載每個實驗。該功能還可以幫助研究人員輕松地將數據合并到一個邏輯單元里，并比較不同類型的實驗結果。
GeneSpring 11軟件也可以讓研究人員找到不同實驗數據間的關鍵聯系和一致性。
雖然其它一些應用軟件也支持多組學數據分析，但GeneSpring 11軟件的關鍵優勢在于其易用性和分析深度。用戶可以利用GeneSpring 11進行多樣化數據的比較和數據的生物學詮釋。進行數據比較的一個關鍵工具就是新的基因組瀏覽器。在該瀏覽器中，研究人員可以在同一個視圖中繪制多種不同類型的數據圖，并合并這些信息而實現對不同類型數據的追蹤。例如，研究人員能夠同時分析拷貝數和基因表達數據以評估其一致性，或者同時分析拷貝數數據和小RNA信息以檢查是否在那些擴增或缺失區域中是否存在關鍵的小RNA。
跨不同微陣列平臺和物種的全自動探針信息轉換功能可以幫助研究人員在維恩圖(Venn diagram)中通過簡單的拖放功能進行實驗結果的比較。這種無縫轉換還允許研究人員能夠快速識別那些在內容中存在顯著統計學意義的重疊的基因列表。數據探索的簡易性讓研究人員能夠快速發現具有相似的生物學特征，從而可能具有相似潛在機制的藥物治療、疾病狀態或其它實驗因素。
通過擴展其網絡分析工具的功能，GeneSpring 11軟件進一步增強了其在數據生物學詮釋方面的優勢。該軟件提供的一系列算法和物種特異性通路和相互作用數據庫使研究人員能夠生成一系列的網絡類型，并動態解析能描述他們所關注的基因之間相互作用的生化網絡。GeneSpring 11軟件還允許研究人員利用醫學專業(MeSH)主題詞作為輸入方式來生成網絡。例如，當研究人員使用“心力衰竭”作為輸入的醫學專業(MeSH)主題詞時，軟件就會自動生成和心力衰竭相關相互作用的網絡圖。然后，研究人員就可以判斷基因表達數據是如何和這個疾病網絡相互貫穿的。
GeneSpring Workgroup 11的發布還為其企業級產品增加了兩個基于互聯網的客戶端和存儲多組學數據的中央數據庫。通過數據瀏覽器提供的一個接口，用戶可以利用所配置的搜索欄對存儲于工作組數據庫中的實驗和樣本進行搜索。用戶可以下載搜索到的相關數據文件，并瀏覽GeneSpring軟件中已公開發布的靜態圖像。通過基于互聯網的接口，互聯網客戶端允許用戶利用GeneSpring軟件中所有的圖表對存儲于工作組中的實驗和結果進行可視化操作和動態探索。通過多種獲取存儲數據的方式，Workgroup軟件為科學家們提供了一條更為有效的相互合作的途徑，并分享他們的分析結果和知識。