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瑞士一家公司、實驗室獲資助用于質譜新方法
2012-2-8 來源:中國聚合物網
關鍵詞:質譜

  2012年1月13日,瑞士蛋白質組學公司Biognosys和瑞士蘇黎世聯邦工學院研究員Reudi Aebersold博士,從瑞士技術創新委員會(CTI)獲得了150萬瑞士法郎(157萬美元),該款項用于支持超級反應監測質譜(HRM-MS)技術的市場化。

  去年6月(2011年6月10日報道),Aebersold博士在美國質譜年會上介紹了一種新技術,這是一種基于數據-非依賴(data-independent)采集技術(SWATH)的蛋白質組學新技術。據Biognosys公司的一份聲明稱,這種新技術“可以同時測定一個樣品中成千上萬的已知和未知的蛋白質,并在隨后提取蛋白質的全貌(profile)數據。”

  Aebersold實驗室在AB SCIEX 的TripleTOF 5600質譜儀上開發了SWATH方法,正如他在ASMS會議上接受ProteoMonitor采訪時所說,TripleTOF 5600是市場上性能足以運行該技術的唯一的一款Q-TOF儀器。

  “我們需要非常高的靈敏度、寬動態范圍、和快速掃描能力”,他說,“這些性能之間關系復雜,當你調整其中某項時會影響其它性能。現在,TripleTOF 5600提供了這些性能的最佳組合。”

  同選擇反應監測質譜法(SRM-MS)一樣, SWATH也是在特定的母離子窗口下來檢測目標的碎片,期望該窗口中出現感興趣的肽;然后觀測碎片離子的水平,從而對感興趣的肽進行定性和定量。

  差別是,據Aebersold所述,由于TripleTOF 5600質譜儀的速度特別快,SWATH可以選擇一個25 amu的寬母離子窗口,并把所有的母離子質量范圍劃分成分段的25 amu寬的窗口,就可以“采集液相流出的所有組分的碎片”。

  然后,使用Aebersold和系統生物研究所的Rob Moritz領導開發的SRMAtlas軟件,研究者們可通過搜索,將質譜采集的碎片離子譜圖和SRMAtlas的參考譜庫進行比對,從而鑒定多肽。

  采用獨特的搜索策略非常必要,Aebersold說,因為通過該技術產生的大碎片離子的譜圖,會“嗆(choke)”住一個典型的搜索引擎。

  “因此我們使用SRM譜庫,在這些組分譜里選擇和發現特定的對目標肽響應的模式”,他說,“和用序列數據庫搜索不同,我們不試圖解釋每張譜;我們只是想發現那些模式,能告訴我們一個特定的肽是否出現,如果出現的話這個肽的含量是多少。”

  去年7月(2011年7月22日PM報道),Aebersold說他初步使用該技術的研究顯示,SWATH法能在復雜樣本中鑒定超過4個數據量動態范圍的蛋白,其定量的性能與SRM-MS相當。

  “在檢測靈敏度方面,SWATH技術可能比SRM低3-4倍,但它正在接近于SRM的性能,”他說。

  2008年,Biognosys公司從瑞士聯邦工學院獨立。2011年11月它在首輪融資中獲得270萬瑞士法郎(300萬美元)(2011年11月4日報道)。其網站顯示的客戶包括諾華、輝瑞、Integrated Diagnostics和飛利浦。

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(徐)
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