2013年3月14日，科技部發布了“關于開展國家重大科學儀器設備開發專項2013年度項目組織工作的函”，此函的發布也標志著新一輪國家重大科學儀器設備開發專項(以下簡稱為：重大儀器專項)的啟動。重大儀器專項于2011年7月啟動，在過去兩年中，共支持項目119項，國撥經費達18億元。
相比于2012年度組織工作要求，2013年度重大儀器專項工作要求凸顯很多亮點和變化：
1、 支持方向有了變化，并明確指出不予支持的儀器種類。
工作要求中明確指出重點關注“科學儀器設備關鍵部件、科學儀器設備樣品前處理設備、高端電子顯微鏡、近紅外分析儀器、電子測量儀器等重大科學儀器設備”，其中科學儀器設備關鍵部件、科學儀器設備樣品前處理設備、近紅外分析儀器是2013年度新增加的支持方向。此外，工作要求還指出“一般的儀器原理和方法研究，商業化前景不明確的儀器開發工作，不屬于儀器專項范疇”，具體到儀器種類，明確表明“臨床醫療儀器、生產設備、機械裝備以及平臺建設等，不屬于儀器專項的支持方向。”
2、 明確支持企業為項目承擔主體，提高對企業方的要求。
2013年度工作要求明確“支持有條件的企業牽頭承擔”。但對于企業牽頭或企業承擔產業化工作的企業又有嚴格要求，如企業需在中國大陸境內注冊、企業是高新技術企業或達同等條件、項目要與企業重點發展方向相符等。
此外，工作要求還指出“牽頭承擔項目的，企業投入的自籌研發經費應不低于國撥經費;非牽頭承擔項目，但承擔產業化工作的，企業投入的自籌研發經費應不低于所獲得的國撥經費。企業投入的自籌研發經費應用于項目研發活動，而不得用于生產線、廠房等產業化能力建設。”
3、 首次實施財政資助節點，力求保證支持項目的成功。
工作要求中新增探索財政資助節點改革措施，明確規定“針對企業牽頭項目，先立項，項目前半段主要由承擔單位自籌經費實施，專項經費資助10%;經中期評估確認，有繼續開發意義的，后半段再主要由專項經費給予支持。” 這點應該是重大儀器專項實施以來最大的變化，強調風險共擔。
4、 明確項目涵蓋的內容，以及參與單位的職責。
工作要求中明確每個項目應包括“儀器開發(含軟件開發)、應用開發和工程化開發等類型工作，同時，還應提出項目產業化策劃方案”，并且要求“除儀器設備開發單位外，產業化單位、應用單位也應從項目設計開始，全程參與項目的組織和實施工作。”
5、 新增4個項目組織部門(地區)，并首次出現試點地區。
工作要求中新增中國航天科技集團公司、中國航天科工集團公司、中國船舶重工集團公司以及中國航空工業集團公司4個組織部門，并明確天津、浙江、四川、貴州以及陜西為5個試點地區。