由于生產生物燃料不僅成本高昂，還帶來了環境破壞、糧食價格抬高等問題，歐盟和美國相繼出臺政策，下調未來生物燃料生產目標。
同樣，國內的生物燃料乙醇產業也遭遇到了尷尬的境地。早前為了解決陳化糧問題，國家在“十五”期間批準建設了4個燃料乙醇生產試點項目：吉林燃料乙醇有限公司、黑龍江華潤酒精有限公司、河南天冠燃料集團和安徽豐原燃料酒精股份有限公司。在政策的指引下，大量產能迅速上馬。至2005年底，上述4家企業規劃建設的102萬噸燃料乙醇產能全部達產。
然而，初期靠玉米為原料來發展生物燃料乙醇的模式被證明行不通。經過幾年的集中消化后，國內陳糧的供應已經達到極限，無法滿足燃料乙醇的原料需求。部分企業新糧使用比例甚至高達80%。但隨著糧食安全問題的日益突出，政府對將玉米用于燃料乙醇的態度也發生了明顯轉變。
前瞻產業研究院發布的《2013-2017年中國生物燃料行業深度調研與投資戰略規劃分析報告》顯示，2006年，國家提出“堅持非糧為主，積極穩妥推動生物燃料乙醇產業發展”，隨后將所有燃料依存項目審批權收回中央;2007-2010年，國家發改委三次要求全面清理玉米深加工項目。與此同時，以中糧生化為代表的企業收到的政府補貼不斷縮水。2010年，中糧生化享受的安徽省定點企業生物燃料乙醇彈性補貼標準為1659元/噸，也比2009年的2055元下調396元。燃料乙醇2012年獲得的補貼則更低，公司以玉米為原料的燃料乙醇，每噸補助500元;以木薯等非糧作物為原料的燃料乙醇，每噸補助750元。此外，自2015年1月1日起國家將取消變性燃料乙醇定點生產企業的增值稅先征后退政策，同時以糧食為原料生產用于調配車用乙醇汽油的變性燃料乙醇也將恢復征收5%的消費稅。
面臨與人爭糧、與糧爭地的問題，未來我國生物乙醇的發展空間受限，政策支持力度也將逐漸減弱，生物燃料乙醇生產企業將面臨越來越大的成本壓力。而對于習慣了靠補貼生存的燃料乙醇企業而言，未來的發展前景不容樂觀。