本發明公開了一種含維生素B12基團的兩親性海藻酸鈉衍生物及其制備方法和應用，具體為含有維生素B12基團和膽固醇基團的兩親性海藻酸鈉衍生物，其化合結構式如式（I）所示。本發明將含有膽固醇基團的兩親性海藻酸衍生物（CSAD）與維生素B12反應，制備得到含維生素B12基團的兩親性海藻酸鈉衍生物（VB12?CSAD）。所述VB12?CSAD的合成反應條件溫和，有利于保持維生素B12的生物活性；VB12?CSAD在消化道系統的穩定性強；小腸靶向吸收性能強，有望用作一種小腸靶向吸收的口服納米制劑，在提高口服藥物的安全性和生物利用度方面具有較好的應用前景。