本發明公開了一種蛋白質分子印跡水凝膠的制備方法。該方法包括如下步驟：將質量百分比濃度為2.0～8.0％的羧甲基淀粉-對氨基苯酚接枝物水溶液與質量百分比濃度為0.02～0.20％牛血清蛋白水溶液混合，攪拌條件下，依次加入過氧化氫與辣根過氧化酶，8～12秒內發生凝膠化，經洗脫除去模板分子牛血清蛋白，即得到對牛血清蛋白具有選擇性吸附特性的分子印跡水凝膠。本發明具有原料易得、快速凝膠化、反應溫和、易控制、獲得的分子印跡水凝膠具有較好的識別性能及優良的生物降解和生物相容性，可望在蛋白質分離得到應用。