2010-1-7 來(lái)源:安捷倫科技有限公司
關(guān)鍵詞：安捷倫 生物學(xué)分析軟件
安捷倫科技公司擴(kuò)展生物學(xué)分析軟件，新增遺傳關(guān)聯(lián)和拷貝數(shù)變異分析功能
2009年12月7日，北京—安捷倫科技公司（紐約證券交易所：A）發(fā)布了其廣受歡迎的可用于微陣列數(shù)據(jù)可視化分析的最新一代桌面軟件產(chǎn)品--GeneSpring GX 11，以及其企業(yè)版本-- GeneSpring Workgroup 11。
GeneSpring 11軟件專為支持多組學(xué)研究而設(shè)計(jì)，并增加了多項(xiàng)新的功能，包括利用基因分型數(shù)據(jù)進(jìn)行基因關(guān)聯(lián)分析、基因組拷貝數(shù)分析以及其它有利于多樣化數(shù)據(jù)比較的分析和可視化工具。安捷倫的生物信息學(xué)產(chǎn)品線還包括了利用GeneSpring相同平臺(tái)開發(fā)的Mass Profiler Professional，以支持蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)的數(shù)據(jù)分析。
安捷倫科技公司的基因組學(xué)高級(jí)市場(chǎng)營(yíng)銷總監(jiān)Chris Grimley說(shuō)：“在系統(tǒng)生物學(xué)研究中，生物信息學(xué)一直是采用多組學(xué)方法來(lái)定義疾病的產(chǎn)生機(jī)理的瓶頸之一。在過(guò)去，我們從數(shù)據(jù)中提取生物學(xué)知識(shí)的能力往往落后于生成數(shù)據(jù)的能力。GeneSpring 11的開發(fā)不僅考慮到這一瓶頸，而且還解決了整合型分析中的其它一些難題。”
辛辛那提兒童醫(yī)院的計(jì)算醫(yī)學(xué)中心科學(xué)主，GeneSpring軟件的長(zhǎng)期用戶Bruce Aronow博士說(shuō)：“GeneSpring 11軟件代表了生命科學(xué)領(lǐng)域中數(shù)據(jù)分析軟件的一個(gè)重大進(jìn)步。這是我們看到的第一個(gè)支持多組學(xué)技術(shù)的全能分析軟件，它必將會(huì)為系統(tǒng)生物學(xué)繪制一幅全新的藍(lán)圖。”
在GeneSpring 11軟件中，研究人員可以一個(gè)窗口內(nèi)同時(shí)分析多種類型的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，如小RNA、基因表達(dá)、基因分型以及拷貝數(shù)等。這允許用戶可以根據(jù)需要在數(shù)據(jù)之間來(lái)回切換，而不必單獨(dú)加載每個(gè)實(shí)驗(yàn)。該功能還可以幫助研究人員輕松地將數(shù)據(jù)合并到一個(gè)邏輯單元里，并比較不同類型的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。
GeneSpring 11軟件也可以讓研究人員找到不同實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)間的關(guān)鍵聯(lián)系和一致性。
雖然其它一些應(yīng)用軟件也支持多組學(xué)數(shù)據(jù)分析，但GeneSpring 11軟件的關(guān)鍵優(yōu)勢(shì)在于其易用性和分析深度。用戶可以利用GeneSpring 11進(jìn)行多樣化數(shù)據(jù)的比較和數(shù)據(jù)的生物學(xué)詮釋。進(jìn)行數(shù)據(jù)比較的一個(gè)關(guān)鍵工具就是新的基因組瀏覽器。在該瀏覽器中，研究人員可以在同一個(gè)視圖中繪制多種不同類型的數(shù)據(jù)圖，并合并這些信息而實(shí)現(xiàn)對(duì)不同類型數(shù)據(jù)的追蹤。例如，研究人員能夠同時(shí)分析拷貝數(shù)和基因表達(dá)數(shù)據(jù)以評(píng)估其一致性，或者同時(shí)分析拷貝數(shù)數(shù)據(jù)和小RNA信息以檢查是否在那些擴(kuò)增或缺失區(qū)域中是否存在關(guān)鍵的小RNA。
跨不同微陣列平臺(tái)和物種的全自動(dòng)探針信息轉(zhuǎn)換功能可以幫助研究人員在維恩圖（Venn diagram）中通過(guò)簡(jiǎn)單的拖放功能進(jìn)行實(shí)驗(yàn)結(jié)果的比較。這種無(wú)縫轉(zhuǎn)換還允許研究人員能夠快速識(shí)別那些在內(nèi)容中存在顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的重疊的基因列表。數(shù)據(jù)探索的簡(jiǎn)易性讓研究人員能夠快速發(fā)現(xiàn)具有相似的生物學(xué)特征，從而可能具有相似潛在機(jī)制的藥物治療、疾病狀態(tài)或其它實(shí)驗(yàn)因素。
通過(guò)擴(kuò)展其網(wǎng)絡(luò)分析工具的功能，GeneSpring 11軟件進(jìn)一步增強(qiáng)了其在數(shù)據(jù)生物學(xué)詮釋方面的優(yōu)勢(shì)。該軟件提供的一系列算法和物種特異性通路和相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)使研究人員能夠生成一系列的網(wǎng)絡(luò)類型，并動(dòng)態(tài)解析能描述他們所關(guān)注的基因之間相互作用的生化網(wǎng)絡(luò)。GeneSpring 11軟件還允許研究人員利用醫(yī)學(xué)專業(yè)（MeSH）主題詞作為輸入方式來(lái)生成網(wǎng)絡(luò)。例如，當(dāng)研究人員使用“心力衰竭”作為輸入的醫(yī)學(xué)專業(yè)（MeSH）主題詞時(shí)，軟件就會(huì)自動(dòng)生成和心力衰竭相關(guān)相互作用的網(wǎng)絡(luò)圖。然后，研究人員就可以判斷基因表達(dá)數(shù)據(jù)是如何和這個(gè)疾病網(wǎng)絡(luò)相互貫穿的。
GeneSpring Workgroup 11的發(fā)布還為其企業(yè)級(jí)產(chǎn)品增加了兩個(gè)基于互聯(lián)網(wǎng)的客戶端和存儲(chǔ)多組學(xué)數(shù)據(jù)的中央數(shù)據(jù)庫(kù)。通過(guò)數(shù)據(jù)瀏覽器提供的一個(gè)接口，用戶可以利用所配置的搜索欄對(duì)存儲(chǔ)于工作組數(shù)據(jù)庫(kù)中的實(shí)驗(yàn)和樣本進(jìn)行搜索。用戶可以下載搜索到的相關(guān)數(shù)據(jù)文件，并瀏覽GeneSpring軟件中已公開發(fā)布的靜態(tài)圖像。通過(guò)基于互聯(lián)網(wǎng)的接口，互聯(lián)網(wǎng)客戶端允許用戶利用GeneSpring軟件中所有的圖表對(duì)存儲(chǔ)于工作組中的實(shí)驗(yàn)和結(jié)果進(jìn)行可視化操作和動(dòng)態(tài)探索。通過(guò)多種獲取存儲(chǔ)數(shù)據(jù)的方式，Workgroup軟件為科學(xué)家們提供了一條更為有效的相互合作的途徑，并分享他們的分析結(jié)果和知識(shí)。
