技術缺乏整合
目前，我國科學儀器企業的科研經費投入嚴重不足，占年銷售額不到3%，而世界著名跨國公司的研發投入占年銷售額超過10%。
一方面是研發投入不足，另一方面是一些好的技術成果市場效益不明顯。很多儀器制造企業面臨著既要生存又要創新的發展瓶頸，為了生存往往選擇急功近利的發展方式。對此，李林認為，國內企業應該揚長避短、優勢互補，共同生存、共同發展，“許多企業希望自己什么都有、什么都能做好，這是不現實的”。
山東省科學院生物技術中心主任史建國指出，國內科學儀器的研究成果不少，尤其是方法學研究與國外相比并不弱，但成果如何轉化為現實產品，還存在瓶頸。
成果轉化難是中國科技界的頑疾，其中固然有體制問題，但也與科研人員的慣性思維不無關系。與會專家表示，企業研發人員往往傾向于跟著國外的研發趨勢走，而對國內許多新的方法未必理解，或者捕捉不到這些信息，不知道國內的一些方法也可以轉化應用并獲得很好的效果。
人才全面告急
我國目前儀器制造人才數量與國外差距明顯，特別是高端人才短缺已成為阻礙產業發展的瓶頸。
史建國說：“事實上，科學儀器企業的高端人才非常少，這個缺口應該超過30%。”
除了高端人才短缺，綜合應用型人才少、人才流失嚴重等問題，也成為我國科學儀器行業“人才命題”亟待解決的內容。
“中國科學儀器行業人才迫切需要通過自身培養與社會培養相結合的方式解決人才告急的問題。”光學、電子、機械、精密儀器等硬件研發人才至少需要5年以上工作經驗才能達到要求，而現實情況則是高校精密儀器院系在縮減，同時畢業生更傾向于進政府部門、金融機構。
隨著國內開放程度的加深及市場競爭的加劇，國內廠商將不斷向中高端產品和服務方向轉移，國際競爭力有望獲得持續提升。這些都對未來人才教育、培訓、引進提出更高要求。